De Biowinkelvereniging richt zich op gezamenlijke belangenbehartiging en staat open voor alle formules en zelfstandige winkels in Nederland. Natuurvoedingswinkels, speciaalzaken, reformhuizen, slagers, bakkers, webwinkels en boerderijwinkels kunnen lid worden. Voorwaarde voor deelname is dat tenminste 80% van de voeding biologisch is.
 
De Biowinkelvereniging stimuleert (zelfstandig) ondernemerschap in de biologische winkelbranche. Daarnaast wordt ingezet op het verhogen van de kwaliteit van het biologische product en toegevoegde waarde van de biologische winkelbranche. Andere speerpunten zijn belangenbehartiging, informatievoorziening en verbinding met de andere schakels van de biologische voedselproductieketen, van boer tot en met consument.