De vrijekeuze stal geeft koeien ruimhartig mogelijkheden tot het uitvoeren van natuurlijk gedrag in de stal. Veel ruimte en een beter ligcomfort zijn belangrijk voor dierenwelzijn en diergezondheid. De ondernemers geven aan dat de systeemkeuzes die dit met zich meebrengt, leidt tot productiestijging. Daarnaast zien zij een betere diergezondheid. Een mogelijk nadeel van dit systeem betreft de klauwgezondheid. Door de dichte loopvloer kan deze wat meer bevuiling geven. De ervaringen tot nu toe zijn echterpositief.
 
De Vrije Keuzestal vergt een extra investering van 20% ten opzichte van een ligboxenstal met een alternatief emissie reducerend systeem. De resultaten op een drietal melkveebedrijven zijn aanzienlijk verbeterd na ingebruikname van de Vrije Keuzestal. In hoeverre de verbetering is toe te schrijven aan de stal of aan het gewijzigde management op de bedrijven, is niet na te gaan. In aanmerking nemend dat er wel een systeemeffect is, is het mogelijk (een deel van) de meerkosten terug te verdienen door een beperkte verbetering van de productieresultaten.
 
Een combinatie van innovaties in de stal levert een reductie van ammoniak- en methaan-emissie. Lachgas wordt in de stal bijna niet geproduceerd. Emissies van de roostervloer worden grotendeels beperkt door de Groene Vlag roosters volgens het brievenbusprincipe in de roosterspleten. De combinatie van sleufvloer en aangepaste roostervloer geeft een emissie van 8,6 kg ammoniak per dierplaats per jaar bij permanent opstallen en 7,5 kg per dierplaats per jaar bij beweiden (Rav-code A 1.22). Deze emissiefactoren zijn vastgesteld op basis van metingen. De emissie in een traditionele ligboxenstal is 11 kg NH 3/dierplaats/jaar bij permanent opstallen (Rav-code A 1.100.2). Dat betekent dat de totale emissiereductie 22% bedraagt. Methaanemissie bij melkvee in een ligboxenstal vindt globaal voor ca. 70% plaats vanuit de pens en voor 30% vanuit de mestopslag. Een combinatie van korte en dichte opslag in de stal en het vrije-weide-principe kan de emissie uit de mestopslag reduceren.